Balzato al comando nel conclusivo 'run', l'alfiere del Red Bull KTM Ajo Factory Team ha lasciato a 166/1000 Efren Vazquez (Honda Racing Team Germany, futuro nel Mondiale Supersport), a 0"327 un convincente Jakub Kornfeil (KTM del Team Calvo/LaGlisse), a 0"540 soprattutto il leader del mondiale Alex Marquez, quinto con la prima Honda NSF250RW del Monlau Competición a precedere Isaac Vinales ed il proprio teammate Alex Rins. Con 9 piloti racchiusi in meno di 1" compreso Brad Binder (scivolato nel finale), il primo italiano in graduatoria è Niccolò Antonelli, decimo su KTM preparata dal Gresini Racing davanti a Romano Fenati, undicesimo e ormai tagliato fuori dai giochi per la conquista del titolo iridato.
Nonostante gran parte del turno perso per un problema tecnico alla propria Mahindra Alessandro Tonucci è invece buon quattordicesimo davanti a Enea Bastianini (16°, 'Rookie' a Sepang), Francesco Bagnaia 22°, a seguire Matteo Ferrari è 23° con Andrea Locatelli e Andrea Migno, entrambi all'esordio su questo tracciato, rispettivamente 27° e 30°. Per quanto concerne i piloti di casa Hafiq Azmi con la prima KTM patrocinata proprio dal circuito di Sepang è 17° davanti al connazionale Zulfahmi Khairuddin (18° su Honda CBC Corse, nel 2015 tornerà in KTM grazie all'impegno del Sepang International Circuit) mentre le due wild card locali su KTM di scuola CEV Hafiza Rofa (SIC Ajo) e Ramdan Rosli (Petronas AHM Malaysia) chiudono 29° e 32° con il primo tradito da un problema tecnico nei primissimi minuti.
01- Jack Miller - Red Bull KTM Ajo - KTM RC 250 GP - 2'13.773
02- Efren Vazquez - SaxoPrint RTG - Honda NSF250RW - + 0.166
03- Jakub Kornfeil - Calvo Team - KTM RC 250 GP - + 0.327
04- Danny Kent - Red Bull Husqvarna Ajo - Husqvarna FR 250 GP - + 0.429
05- Alex Marquez - Team Estrella Galicia 0,0 - Honda NSF250RW - + 0.540
06- Isaac Vinales - Calvo Team - KTM RC 250 GP - + 0.745
07- Alex Rins - Team Estrella Galicia 0,0 - Honda NSF250RW - + 0.894
08- Brad Binder - Ambrogio Racing - Mahindra MGP3O - + 0.921
09- Miguel Oliveira - Mahindra Racing - Mahindra MGP3O - + 0.931
10- Niccolò Antonelli - Junior Team GO&FUN
Moto3 - KTM RC 250 GP - + 1.308
11- Romano Fenati - Sky Racing Team VR46 - KTM RC 250 GP - + 1.350
12- John McPhee - SaxoPrint RTG - Honda NSF250RW - + 1.490
13- Alexis Masbou - Ongetta Rivacold - Honda NSF250RW - + 1.507
14- Alessandro Tonucci - CIP Moto - Mahindra MGP3O - + 1.633
15- Niklas Ajo - Avant Tecno Husqvarna Ajo - Husqvarna FR 250 GP - + 1.649
16- Enea Bastianini - Junior Team GO&FUN Moto3 - KTM RC 250 GP - + 1.681
17- Hafiq Azmi - SIC Ajo - KTM RC 250 GP - + 2.141
18- Zulfahmi Khairuddin - Ongetta AirAsia - Honda NSF250RW - + 2.243
19- Karel Hanika - Red Bull KTM Ajo - KTM RC 250 GP - + 2.375
20- Jasper Iwema - CIP Moto - Mahindra MGP3O - + 2.547
21- Remy Gardner - Calvo Team - KTM RC 250 GP - + 2.574
22- Francesco Bagnaia - Sky Racing Team VR46 - KTM RC 250 GP - + 2.581
23- Matteo Ferrari - San Carlo Team Italia - Mahindra MGP3O - + 2.613
24- Jules Danilo - Ambrogio Racing - Mahindra MGP3O - + 2.754
25- Jorge Navarro - Marc VDS Racing Team - KALEX KTM - + 2.773
26- Juanfran Guevara - MAPFRE Aspar Team Moto3 - KALEX KTM - + 2.844
27- Andrea Locatelli - San Carlo Team Italia - Mahindra MGP3O - + 3.001
28- Luca Grünwald - Kiefer Racing - KALEX KTM - + 3.047
29- Hafiza Rofa - SIC Ajo - KTM RC 250 R - + 3.126
30- Andrea Migno - Mahindra Racing - Mahindra MGP3O - + 3.205
31- Philipp Öttl - Interwetten Paddock Moto3 - KALEX KTM - + 3.376
32- Ramdan Rosli - Petronas AHM Malaysia - KTM RC 250 R - + 3.396
33- Scott Deroue - RW Racing GP - KALEX KTM - + 4.553
34- Gabriel Ramos - Kiefer Racing - KALEX KTM - + 5.179